2006년 UEFA 유러피언 U-21 챔피언십(2006 UEFA European Under-21 Championship)는 2006년 5월 23일부터 6월 4일까지 포르투갈에서 개최된 15번째 UEFA 유러피언 U-21 챔피언십이다. 네덜란드가 결승전에서 우크라이나를 누르고 우승을 차지했다.
2006년 UEFA 유러피언 U-21 챔피언십 예선은 안도라, 페로 제도, 리히텐슈타인, 북아일랜드를 제외한 48개 팀이 참가했다. 다음 8개국이 본선에 진출했다.
조별 예선은 48개 팀을 8개 조(1개 조는 7개 팀, 6개 조는 6개 팀, 1개 조는 5개 팀으로 구성됨)로 나눈 다음에 홈 앤 어웨이 방식으로 진행되었으며 각 조 1위, 2위 팀이 플레이오프에 진출했다. 플레이오프는 16개 팀을 8개의 대진으로 나눈 다음에 홈 앤 어웨이 방식으로 진행되었으며 여기서 승리한 팀이 본선에 진출했다.